Setelah Merdeka Daerah Sulawesi Utara tergabung dengan Provinsi Sulawesi yang kedudukan pemerintahannya berada di Makasar (Lih Sejarah Pemerintahan Sulawesi Utara). Pada waktu itu semua kegiatan kesehatan, di laksanakan sesuai dengan pedoman yang dikeluarkan oleh Provinsi Sulawesi di Makasar.
Pada awal tahun lima puluhan Penyakit Malaria melanda Indonesia termasuk Sulawesi Utara dengan angka penderita cukup tinggi. Maka oleh pemerintah Pusat, didirikan Dinas Malaria di tiap daerah.
Pada Tahun 1960 berdasarkan Peraturan Pemerintah No 5 tahun 1960, Provinsi Sulawesi dibagi menjadi dua bagian yaitu Provinsi Sulawesi Selatan-Tenggara dan Provinsi Sulawesi Utara-Tengah. Gubernur Provinsi Sulawesi Utara-Tengah pada waktu itu ialah MR A.A. BARAMULI.
Di awal tahun enam puluhan Pemerintah Indonesia membentuk KOMANDO OPERASI PEMBASMIAN MALARIA yang di resmikan oleh Presiden RI Pertama IR. SOEKARNO dan dikenal dengan nama KOPEM. KOPEM bertugas melakukan upaya pembasmian penyakit Malaria. Pembiayaan operasional KOPEM, dibantu oleh Pemerintah Amerika. Pada tahun 1963 kantor cabang KOPEM berdiri di Sulawesi Utara dan berlokasi di jalan Siswa.
Ada hal yang cukup menentukan dalam kegiatan KOPEM yaitu dana tidak dapat dicairkan karena menurut ketentuan, yang harus menerima dana adalah Kepala Institusi yang secara Struktural merupakan wakil pemerintah daerah dibidang kesehatan.
Pada Tahun 1963 Pemerintah Provinsi Sulawesi Utara-Tengah membentuk Kantor Inspeksi Kesehatan Sulawesi Utara yang sangat dikenal dengan nama IKES dengan fungsi pengawasan yang lebih luas
Pada tahun 1964 berdasarkan Undang-Undang Nomor 13 tahun 1964 terbentuklah Provinsi Sulawesi Utara dengan demikian Sulawesi Utara menjadi Daerah Otonomi Tingkat I Sulawesi Utara dan terpisah dari Provinsi Sulawesi Utara-Tengah dengan Gubernur yang pertama adalah LetKol F.J. TUMBELAKA. Wilayah Provinsi Sulawesi Utara terbentang dari Pulau Miangas di ujung utara Kabupaten Sangihe Talaud sampai ke Molosipat di bagian barat Kabupaten Gorontalo berbatasan dengan Provinsi Sulawesi Tengah.
Dengan terbentuknya Provinsi Sulawesi Utara maka Kantor Inspeksi Kesehatan merupakan satu-satunya Institusi Kesehatan yang ada di provinsi Sulawesi Utara disamping Rumah Sakit Umum Gunung Wenang sebagai Unit Pelayanan yang sudah lama berdiri di Kota Manado. Kantor Inspeksi Kesehatan secara administrasi bertanggung jawab kepada Gubernur Sulawesi Utara, dan secara teknik fungsional bertanggung jawab kepada Menteri kesehatan.
Pada tahun 1965 terjadi peristiwa yang sangat memilukan yaitu Peristiwa G.30.S PKI yang tidak pernah dapat dilupakan oleh seluruh Rakyat Indonesia. Pada saat itu Presiden RI menunjuk PangDam XIII Merdeka BRIGADIR JENDERAL SOENANDAR PRIJOSOEDARMO untuk menjabat Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Sulawewsi Utara. Saat itu terjadi ketidak sepahaman antara Pemerintah RI dan Pemerintah Amerika, maka KOPEM dibubarkan. Kegiatan dan tenaga-tenaga kesehatan yang bertugas di KOPEM di alihkan menjadi tenaga Kesehatan pada Kantor Inspeksi Kesehatan (IKES).
Pada tahun 1967 BRIGADIR JENDERAL H.V. WORANG dilantik menjadi Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Sulawesi Utara.
Untuk membantu tugas Inspektur Kesehatan, pada tahun 1968 pemerintah membentuk dua direktorat yaitu Direktorat Pemberantasan Pembasmian Penyakit Menular dan Direktorat Pembinaan Kesehatan. Lokasi kantor Inspeksi Kesehatan atau IKES pada waktu itu terletak di Kompleks perkantoran Pemerintah Provinsi Sulawesi Utara yaitu dilokasi sekitar Bank Sulut sekarang.
Pada tahun 1974 terjadi perubahan struktur dan fungsi organisasi dilingkungan Pemerintah provinsi Sulawesi Utara. Nama Inspektorat Kesehatan berubah menjadi Pengawas Kepala Dinas Kesehatan Provinsi Sulawesi Utara.
Seiring berjalannya waktu, terjadi penyempurnaan dalam organisasi dan fungsi aparatur pemerintahan di Tingkat Provinsi maka pada tahun 1975 Nama Organisasi Pengawas Kepala Dinas Kesehatan provinsi Sulawesi Utara dirubah menjadi Dinas Kesehatan Provinsi Sulawesi Utara.
Dinas Kesehatan adalah unsur pembantu pemerintah Provinsi di Bidang Kesehatan. Sebagai unsur pembantu pemerintah Provinsi, maka segala kebijakan yang berkaitan dengan Pelaksanaan Kegiatan kesehatan di Provinsi harus mengacu pada ketentuan dan perundangan yang berlaku di daerah yaitu Peraturan Daerah, Peraturan Gubernur serta peraturan peraturan lainnya yang keluarkan oleh Gubernur sebagai Kepala Pemerintahan Daerah Provinsi.
Pada tahun 1976 Sesuai kebijakan pemerintah pusat dibidang dekonsentrasi, maka diseluruh Indonesia didirikan Kantor wilayah yang merupakan representasi dari pemerintah pusat di daerah. Demikian pula di Provinsi Sulawesi Utara pada tahun 1976 berdiri Kantor Wilayah Departemen Kesehatan Provinsi Sulawesi Utara yang berkedudukan di Manado dan Kantor Departemen Kesehatan (KANDEPKES) ditiap kabupaten yang berkedudukan di setiap Ibu Kota Kabupaten.
Kantor Wilayah Depatemen Kesehatan Provinsi Sulawesi Utara menjalankan tugas pembinaan dan pengendalian, perijinan dan registrasi tenaga dan institusi kesehatan di Provinsi sedangkan Dinas Kesehatan menjalan tugas-tugas desentralisasi.
Pada tahun 1999 pemerintah mengeluarkan Undang-undang No 22 Tahun 1999 tentang Pemerintah Daerah dan Peraturan pemerintah Nomor ,,,yang mengatur tentang organisasi perangkat Daerah. Peraturan tersebut, mengatur antara lain tentang fungsi dekonsentrasi yang selama ini dijalankan oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Kesehatan diserahkan kepada Gubernur Sulawesi Utara sebagai kepala wilayah dan dijalankan oleh Dinas Kesehatan sebagai unsur pembantu Gubernur.
Dengan adanya peraturan tersebut, maka terjadi penggabungan tugas dan fungsi Kanwil DepKes dengan Dinas Kesehatan menjadi suatu Organisasi Dinas Kesehatan yang baru berdasarkan Undang-Undang No 22 Tahun 1999. Dengan demikian semua asset milik Kantor Wilajah Departemen Kesehatan Provinsi Sulut menyangkut Personil, Perlengkapan, Pembiayaan dan dokumentasi (P3D) diserahkan ke pada Pemerintah Daerah dan menjadi milik Pemerintah Provinsi Sulawesi Utara.
Pada Tahun 2001 dengan di hapusnya Kantor wilayah Departemen Kesehatan maka sebagian tugas dan fungsinya dialihkan menjadi tugas dan Dinas Kesehatan Provinsi Sulawesi Utara. Dengan demikian Tugas dan Fungsi serta tanggung jawab Dinas Kesehatan saat ini ialah melaksanakan Tugas-tugas Desentralisasi, Dekonsentrasi dan Tugas pembantuan. Melaksanakan tugas-tugas desentralisasi ialah melaksanakan tugas-tugas dibidang kesehatan yang telah diserahkan dan pelaksanaannya menjadi Tanggung Daerah. Melaksanakan tugas-tugas Dekonsentrasi yaitu tugas-tugas dan tanggung jawab Pemerintah Pusat dalam hal ini Kementerian Kesehatan yang telah diserahkan kepada Gubernur sebagai Kepala wilayah dan dilaksanakan oleh Dinas Kesehatan Provinsi. Mengerjakan tugas pembantuan yang menjadi tanggung jawab pusat dan dilaksanakan di Daerah berkoordinasi dengan Pemerintah Daerah namun tanggung jawab tetap berada pada Pemerintah Pusat Yaitu kementerian Kesehatan.
Pelaksanaan Kegiatan teknis program-program Kesehatan didaerah tetap mengacu pada ketentuan perundangan Pemerintah RI yaitu Undang-Undang Kesehatan, Peraturan Pemerintah di bidang Kesehatan, Peraturan Menteri serta Petunjuk-petunjuk teknis dan petunjuk pelaksana kegiatan teknis yang di tetapkan oleh Kementerian Kesehatan.
Dalam rangka penelusuran jejak atau napak tilas berdirinya Dinas Kesehatan di Provinsi Sulawesi Utara, maka catatan ringkas tentang keberadaan Dinas Kesehatan Provinsi Sulawesi Utara, Para Pemimpin Kesehatan Provinsi Sulawesi Utara (Kanwil dan Dinas Kesehatan) dari masa ke masa dan cuplikan keberhasilan para Pemimpin Kesehatan ini ditulis, dengan maksud untuk memberikan informasi yang aktual, akurat dan terpercaya kepada seluruh jajaran kesehatan maupun kepada seluruh masyarakat di Provinsi Sulawesi Utara pada khususnya dan masyarakat Indonesia pada umumnya.